其他实体肿瘤

胃癌中存在AGTRAP-BRAF和SND1-BRAF融合基因，与RAF/MEK抑制剂治疗相关。

结直肠癌

除了在中枢神经系统肿瘤中BRAF可与KIAA1549发生融合外，在结直肠癌中也可发现有BRAF易位，且在部分缺乏TGFBR3-MGEA5易位的Myxoinflammatory fibroblastic sarcoma（黏液炎症性纤维母细胞肉瘤，MIFS）中也发现有BRAF基因易位。

中枢神经系统肿瘤

中枢神经系统胶质瘤的一种分子分型，这种融合可见于：毛细胞型星形细胞瘤（常见），毛细胞黏液型星形细胞瘤（鞍区）和弥漫性软脑膜胶质神经元肿瘤中。；

BRAF是位于7q34的原癌基因，至今发现约有60%-80%的毛细胞型星形细胞瘤患者伴有KIAA1549-BRAF基因融合。通过FISH对此融合基因进行检测，在低级别胶质瘤的鉴别诊断中能发挥一定作用《中国中枢神经系统胶质瘤诊断与治疗指南（2015）》；KIAA1549-BRAF融合是一个重要的诊断标志物，由于毛细胞型细胞瘤也存在微血管的增生，在组织学上难以与GBM区分，如果检测有KIAA1549-BRAF融合则高度提示为毛细胞型星形细胞瘤；

需要注意：因为BRAF与伙伴基因KIAA1549在基因组中仅距2M多，挨得很近，BRAF断裂探针FISH镜下很难识别阴/阳性细胞，建议PCR法检测。BRAF与其他伙伴基因融合时表现为典型的1红1绿1黄信号类型。